Добрый день
Цитата: ИП, применяющий патентную систему налогообложения, заключил договор аренды муниципального имущества, находящегося на балансе на праве оперативного управления, с муниципальнымказеннымучреждением. В договоре обозначена сумма арендной платы без учета НДС. Подлежит ли в рамках данного договора уплате НДС? Сумма НДС в договоре отсутствует, однако, есть пункт о самостоятельной уплате НДС арендатором.
Судя по всему вы являетесь налоговым агентом по НДС
ст 161 НК РФ
3. При предоставлении на территории Российской Федерации органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления в аренду федерального имущества, имущества субъектов Российской Федерации и муниципального имущества налоговая база определяется как сумма арендной платы с учетом налога. При этом налоговая база определяется налоговым агентом отдельно по каждому арендованному объекту имущества. В этом случае налоговыми агентами признаются арендаторы указанного имущества, за исключением физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями. Указанные лица обязаны исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.
п. 2 ст. 146 НК РФ
2. В целях настоящей главы не признаются объектом налогообложения:
4.1) выполнение работ (оказание услуг) казенными учреждениями, а также бюджетными и автономными учреждениями в рамках государственного (муниципального) задания, источником финансового обеспечения которого является субсидия из соответствующего бюджета бюджетной системы Российской Федерации;
Так что вам нужно уточнить это кто является балансодержаетелем этого имущества.
Если казенное учреждение балансодержатель, и если не относится к органу власти или управления, то должно само исчислять НДС с сумм арендной платы, полученной от арендатора.
Письма Минфина от 28.12.2012 № 03-07-14/121, от 24.03.2013 № 03-07-15/12713